(1) 研修期間
　後期研修期間として卒後3年次から7年次まで計画し、多様な選択肢を設けた。 　まず、日本内科学会認定内科医取得のため、３年次は大学附属病院（呼吸器内科）で研修（必要あれば内科ローテーションを行なう）もしくは希望があれば関連施設である研修病院で研修することとしている。
　４年次から７年次は大学附属病院（呼吸器内科）、あるいは関連施設である研修病院で研修をおこない日本呼吸器学会専門医の資格取得を目指す。5年次からは、医学博士の学位取得を目指し各人の希望により大学院進学、あるいは国内の医療機関（国立がんセンター等）への留学、臨床研究の実施も可能とした。さらに、希望があれば海外留学も可能とした。
　認定医、専門医の資格取得に関して、４年次に認定内科医試験を受験し、日本内科学会認定内科医が取得し、さらに7年次に日本呼吸器学会専門医を受験し資格を取得することを目指している。

(2) 研修スケジュール
　研修スケジュールの例

3年次		4年次		5年次		6年次		7年次
前期	後期	前期	後期	前期	後期	前期	後期	前期	後期
大学	研修病院	大学	大学	研修病院	研修病院	選　択
大学	大学	研修病院	大学	研修病院	研修病院	選　択
大学	研修病院	研修病院	研修病院	大学	大学	選　択
大学	研修病院	大学	研修病院	大学院

関連施設（研修病院）
熊本県：熊本市民病院、熊本中央病院、熊本赤十字病院、熊本市医師会熊本地域医療センター
熊本労災病院、国立病院機構熊本再春荘病院、国立病院機構熊本南病院
水俣市立総合医療センター、上天草市立総合病院、公立多良木病院、NTT西日本九州病院、
山鹿市立病院、公立玉名中央病院、八代総合病院
宮崎県：宮崎県立延岡病院
福岡県：大牟田天領病院

(3) 週間スケジュール

	午前			午後
月	8:00～ モーニング・カンファランス		9:00～ 気管支内視鏡検査	13:00～ 気管支鏡検査・ 透視下肺生検
火		8:30～ 外来診療		13:00～ 気管支鏡検査・ 透視下肺生検	16:00～ 呼吸器カンファランス 呼吸器外科合同カンファランス
水	8:00～ 輪読会	8:30～ 外来診療		13:00～ 気管支鏡検査・透視下肺生検
木	8:00～ 抄読会・ 新患紹介		10:00～ 病棟回診	13:00～ 気管支鏡検査・透視下肺生検
金	8:00～ 輪読会	8:30～ 外来診療		13:00～ 気管支鏡検査・透視下肺生検

　月曜日のモーニングカンファランスでは、臨床診療で重要な疾患をまとめ、指導医とともに学会発表形式で発表し、診断への根拠と最新の情報を提供するとともに、discussion の方法について学びます。
　火曜日の呼吸器カンファランスでは、新規入院患者について全ての医師とともに問題点を明らかにし、検査計画、診断、治療計画についてオリエンテーションを立てるようにします。また診断、治療で問題点のある入院患者をピックアップして、問題点解決のためのdiscussionを行い診断、治療計画についてオリエンテーションを決定します。その際、トピックスに関する抄読会も行なっています。手術が予定される症例については呼吸器外科との合同カンファランスを行い診断、治療計画についてdiscussionを行います。
　火曜日、水曜日は教授以下全員参加で呼吸器疾患の英語原著の抄読会を初期研修医、後期研修医とともに行っています。
　木曜日は重要と思われる英語原著の臨床研究論文を選択し、教員、医員、後期研修医、大学院生まで交代で抄読会を30分程度行います。その後、1週間の入院患者の紹介を行い、問題点を整理した後に教授回診を午前中一杯行います。
　検査手技については指導医を中心にマンツーマンで実技指導にあたります。気管支ファイバースコープは、まず、検査モデルにて技術を習得し、その後に指導医とともに患者の診断と治療にあたります。透視下肺生検、気管支肺胞洗浄、CT下肺生検などは、指導医と検査医のもとで診療にあたります。また、ベッドサイドでの胸腔穿刺などの手技は、研修期間に習得できることを目指して指導します。