呼吸器内科では、２年間の初期臨床研修では十分に修得できなかった内科医としての知識、診療技術を充実させて基礎作りを行い、専門分野である呼吸器内科医としての知識、診療技術を修得することを目標に研修プログラムを作成した。
　研修プログラムの概略は、３年次前半は大学附属病院で研修し、３年次後半および４年次から７年次は多様な選択肢を設け、大学附属病院あるいは関連施設である研修病院で呼吸器内科医としての研修、大学院進学、国内留学ができるように計画している。
　研修プログラムの特徴は、呼吸器専門医・研究者の養成のために多岐にわたる呼吸器診療に必要な経験、知識を身に付けられるように、そして各人の必要に合わせて多様な選択肢を設けている。
　さらに後期臨床研修プログラムの間に呼吸器専門医として必須である日本内科学会認定内科医、および日本呼吸器学会専門医の資格を取得することを目指している。